MARC details
| 000 -LEADER |
|---|
| fixed length control field |
04918nam a2200397 i 4500 |
| 003 - CONTROL NUMBER IDENTIFIER |
|---|
| control field |
TR-AnTOB |
| 005 - DATE AND TIME OF LATEST TRANSACTION |
|---|
| control field |
20230908000942.0 |
| 007 - PHYSICAL DESCRIPTION FIXED FIELD--GENERAL INFORMATION |
|---|
| fixed length control field |
ta |
| 008 - FIXED-LENGTH DATA ELEMENTS--GENERAL INFORMATION |
|---|
| fixed length control field |
171111s2018 xxu e mmmm 00| 0 eng d |
| 040 ## - CATALOGING SOURCE |
|---|
| Original cataloging agency |
TR-AnTOB |
| Language of cataloging |
eng |
| Description conventions |
rda |
| Transcribing agency |
TR-AnTOB |
| 041 0# - LANGUAGE CODE |
|---|
| Language code of text/sound track or separate title |
Türkçe |
| 099 ## - LOCAL FREE-TEXT CALL NUMBER (OCLC) |
|---|
| Classification number |
TEZ TOBB FBE MIK YL’18 GÜR |
| 100 1# - MAIN ENTRY--PERSONAL NAME |
|---|
| Personal name |
Gürsoy, Emre |
| 9 (RLIN) |
123968 |
| 245 10 - TITLE STATEMENT |
|---|
| Title |
İlaç adayları için charmm uyumlu kuvvet alanı geliştirme / |
| Statement of responsibility, etc. |
Emre Gürsoy. |
| 264 #1 - PRODUCTION, PUBLICATION, DISTRIBUTION, MANUFACTURE, AND COPYRIGHT NOTICE |
|---|
| Place of production, publication, distribution, manufacture |
Ankara : |
| Name of producer, publisher, distributor, manufacturer |
TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü, |
| Date of production, publication, distribution, manufacture, or copyright notice |
2018. |
| 300 ## - PHYSICAL DESCRIPTION |
|---|
| Extent |
xiii, 42 pages : |
| Other physical details |
illustrations ; |
| Dimensions |
29 cm |
| 336 ## - CONTENT TYPE |
|---|
| Source |
rdacontent |
| Content type code |
txt |
| Content type term |
text |
| 337 ## - MEDIA TYPE |
|---|
| Source |
rdamedia |
| Media type code |
n |
| Media type term |
unmediated |
| 338 ## - CARRIER TYPE |
|---|
| Source |
rdacarrier |
| Carrier type code |
nc |
| Carrier type term |
volume |
| 502 ## - DISSERTATION NOTE |
|---|
| Dissertation note |
Tez (Yüksek Lisans)--TOBB ETÜ Fen Bilimleri Enstitüsü Aralık 2018 |
| 520 ## - SUMMARY, ETC. |
|---|
| Summary, etc. |
Maliyetli ilaç geliştirme süreci ve bilgisayar teknolojisinin geliştirilmesi ile, bilgisayar<br/>destekli ilaç tasarımı, ilaç geliştirmede popüler hale gelmiştir. Moleküler modelleme,<br/>bilgisayar destekli ilaç tasarım sürecinde önemli bir rol oynar. Mevcut Kuvvet Alanları<br/>(CHARMM, AMBER, GROMACS, vb.) yeni geliştirilen / gelişen ilaç adaylarının<br/>fiziksel özellikleri hakkında bilgi içeren parametre dosyalarına sahip değildir, bu<br/>nedenle yeni geliştirilen ilaç adaylarının bilgisayar tabanlı Moleküler Dinamik<br/>simülasyonunu gerçekleştirmeleri mümkün değildir. Bu çalışmanın temel amacı, yeni<br/>bir ilacın potansiyelini araştırmak için yeni GST-P1 inhibitörü (C19H13N5O5)<br/>CHARMM uyumlu Kuvvet Alanı parametrelerini ve daha sonra Moleküler Dinamik<br/>Simülasyonunu tanımlamaktır. Enzim inhibitör molekülü kısmen geniş bir yapıya<br/>sahip olduğundan, parametrizasyon işleminin sonucu olarak fiziksel bir sonuç elde<br/>etmek mümkün değildir, bu nedenle molekül iki küçük (kimyasal olarak dengesiz)<br/>partiküllere ayrılır. Her iki molekülde de aynı prosedür tekrarlandı, başlangıç<br/>aşamasında moleküler geometri MP2 / 3-21G * seviyesine optimize edildi.Bu bölümlerde HF / 3-21G * SP enerjisi optimize edilmiş optimizasyon geometrisi<br/>kullanılarak hesaplanmış ve molekül ve su molekülü ile etkileşime girebilen kısım<br/>hesaplanmış ve daha sonra optimal kısmi yük konfigürasyonu QM / MM fit işlemi ile<br/>hesaplanmıştır. Son olarak, bağ ve dihedral terimleri hesaplandı ve CHARMM uyumlu<br/>bir Kuvvet Alanı geliştirildi. Oluşturulan Kuvvet Alanının validasyonu Moleküler<br/>Dinamik simülasyonu ile elde edildi. Elde edilen kuvvet alanları parametreleri MD<br/>simülasyonunda uygulandı. Simülasyon sonuçlarından molekülün stabil olduğu ve<br/>RMSD değerinin kabul edilebilir (<2.0 Å) değerler içerisinde olduğu saptanmıştır. |
|
|---|
| Summary, etc. |
With the costly drug development process and the development of computer<br/>technology, computer aided drug design has become popular in drug development.<br/>Molecular modeling plays a major role in the computer aided drug design process.<br/>Current Force Fields (CHARMM, AMBER, GROMACS, etc.) do not have parameter<br/>files containing information on the physical properties of newly developed /<br/>developing drug candidates, so it is not possible for newly developed drug candidates<br/>to perform computer based Molecular Dynamics simulation. The main objective of<br/>this work is to identify the novel GST-P1 inhibitor (C19H13N5O5) CHARMM<br/>compatible Force Field parameters, and then Molecular Dynamics Simulation to<br/>explore potential for a new drug. Since the enzyme inhibitor molecule has a large<br/>structure in part, it is not possible to obtain a physical result as a result of the<br/>parametrization process, so the molecule is divided into two small (chemically<br/>unbalanced) particles. The same procedure was repeated in both molecules, at the<br/>initial stage the molecular geometry was optimized to the MP2 / 3-21G * level.HF / 3-21G * SP energy is calculated in these parts by using optimized optimizing<br/>geometry and the part that can interact with the molecule and water molecule is<br/>calculated and then the optimal partial load configuration is calculated by means of<br/>QM / MM fit process. Finally, the bond and dihedral terms were calculated and a<br/>CHARMM compatible Force Field was developed. The validation of the generated<br/>Force Field is achieved by Molecular Dynamics simulation. According to the<br/>acceptable RMSD value (<2.0 Å) obtained from simulation, it is seen that molecule<br/>is stable. |
| 650 #7 - SUBJECT ADDED ENTRY--TOPICAL TERM |
|---|
| Topical term or geographic name entry element |
Tezler, Akademik |
| 9 (RLIN) |
32546 |
| 653 ## - INDEX TERM--UNCONTROLLED |
|---|
| Uncontrolled term |
Moleküler dinamik simülasyonu |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Kuantum kimyası |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Elektronik yapı tayini |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Parametrizasyon |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Moleculer dynamics |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Quantum chemistry |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Electronic structure calculations |
|
|---|
| Uncontrolled term |
Parametrisation |
| 710 ## - ADDED ENTRY--CORPORATE NAME |
|---|
| Corporate name or jurisdiction name as entry element |
TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi. |
| Subordinate unit |
Fen Bilimleri Enstitüsü |
| 9 (RLIN) |
77078 |
| 856 40 - ELECTRONIC LOCATION AND ACCESS |
|---|
| Uniform Resource Identifier |
<a href="https://tez.yok.gov.tr/">https://tez.yok.gov.tr/</a> |
| Materials specified |
Ulusal Tez Merkezi |
| 942 ## - ADDED ENTRY ELEMENTS (KOHA) |
|---|
| Koha item type |
Thesis |
| Source of classification or shelving scheme |
Other/Generic Classification Scheme |
